Séquençage ONT :
La technologie de séquençage d’ONT utilise des nanopores intégrés dans une membrane isolante entre deux compartiments remplis de solution saline et un potentiel électrique est appliqué à travers elle. Une protéine motrice guide l’ADN double brin jusqu’au nanopore, sépare les brins d’ADN et régule la vitesse de translocation du brin d’ADN. Le passage des différents nucléotides modifie le courant électrique qui traverse le nanopore de manière spécifique, permettant à des algorithmes d’appel de base de déterminer une séquence consensus du brin d’ADN passé au travers du nanopore.
P3S dispose de deux séquenceurs un séquenceur de faible débit MinION Mk1C adapté pour le séquençage de petits génomes et des régions ciblées ainsi qu’un séquenceur de très haut débit PromethION-24 pour des projets nécessitant une plus grande profondeur adaptée notamment au séquençage du génome humain.
MinION Mk1C
- Une flow cell séquencée à la fois
- Jusqu’à 512 nanopores par flow cell
- Jusqu’à 50 Gbases par flow cell (théorique)
- Analyse des petits génomes, séquençage ciblé, …
PromethION-24
- Jusqu’à 24 flow cells simultanées et indépendantes
- Jusqu’à 3000 nanopores par flow cell
- Jusqu’à 100-200 Gbases par flow cell (théorique)
- Analyse de large génome, multiplexage d’un grand nombre de petits génomes, analyse du transcriptome entier, adaptive sampling
Fast5 :
- Fichiers binaires correspondant aux signaux bruts
- Contiennent des informations sur les modifications de l’ADN (méthylation, …)
- Utilisés par l’algorithme d’appel de base (basecaller) pour générer des fichiers fastq
- Fichiers volumineux retournés à l’utilisateur (non stockés sur P3S)
Fastq :
- Séquence d’ADN et sa qualité (Qscore)
- Fichiers sauvegardés temporairement à la plateforme après les avoir rendus à l’utilisateur
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