Les analyses LC-MS/MS de la plateforme sont réalisées sur l’ensemble nanoElute 2 / timsTOF HT de Bruker.
Le timsTOF HT possède 2 modules de mobilité ionique placées en série, le premier permettant le piégeage des peptides élués sur 100 ms pendant que le deuxième assure la séparation en mobilité ionique des peptides préalablement piégés. La rapidité du qTOF en aval de la mobilité ionique est exploité par la technologie PASEF qui permet une fréquence d’analyse MS/MS de plus de 150 Hz.
Il en résulte une analyse plus exhaustive (duty cycle = 100 %) et plus résolutive des peptides (séparation supplémentaire des peptides selon la mobilité ionique) ainsi qu’une sensibilité plus élevée grâce à une capacité de piégeage des peptides pouvant atteindre 1600 ng.
La nanoElute 2 est une UHPLC permettant des séparations reproductibles des peptides. Le couplage avec le timsTOF HT se fait par l’intermédiaire de la Captive Spray, un système de confinement du spray au plus près de l’entrée du spectromètre de masse et permettant un gain en sensibilité.
Caractéristiques techniques
- gamme standard d’analyse MS : 200-1700 m/z
- Résolution MS et MS/MS : 40000
- gamme dynamique de quantification : 4 logs
- nombre de protéines identifiées
- avec 200 ng de digest HeLa : environ 7000 protéines
- Avec 10 ng de digest HeLa : environ 3500 protéines