Les puces à ADN :

Le génotypage et l’analyse de la méthylation du génome entier est réalisé grâce à la technologie Infinium des puces Illumina. Cette technologie offre un meilleur compromis du point de vue coût des réactifs, temps de traitement, nombre d’échantillons et couverture d’analyse.

Une partie importante du processus de génotypage et d’analyse de la méthylation est standardisée et automatisée offrant robustesse et reproductibilité des résultats. Les avantages sont une analyse simultanée de plusieurs échantillons à partir de faibles quantités d’ADN, des données générées plus faciles à analyser et une compatibilité avec des échantillons inclus en paraffine (FFPE).

Catalogue des puces disponibles :
https://emea.illumina.com/products/by-type/microarray-kits.html

Le séquençage ONT :

La plateforme P3S propose des prestations de séquençages de lectures longues sur des molécules natives d’ADN ou d’ARN avec la technologie commercialisée par Oxford Nanopore Technologies (ONT). Cette technologie est la seule capable de séquencer des molécules natives, sans amplification préalable par PCR et sans étape d’étiquetage chimique. Ainsi, les modifications présentes sur les acides nucléiques sont conservées et analysables, telle que la méthylation des acides nucléiques, utile pour les études épigénétiques.

En fonction des projets, le séquençage nécessitera soit l’utilisation du séquenceur MinION Mk1C soit du séquenceur PromethION 24 de la plateforme. Le séquenceur MinION de faible débit sera utilisé préférablement pour le séquençage de petits génomes (virus, bactéries, parasites) ou pour d’autres applications nécessitant peu de données. À l’inverse le séquenceur très haut débit PromethION 24 (ONT) permet des analyses d’une plus grande profondeur, adaptée notamment au séquençage du génome humain.