Analyse des polymorphismes par puces à ADN
La plateforme propose des prestations de génotypage des SNP basées sur la technologie BeadArray d’Illumina. Cette technologie permet le génotypage du génome entier et le profilage des gènes et exons.
Un large choix de puces de génotypage est disponible chez l’homme en fonction de la taille, du nombre d’échantillons, de la localisation de la variation génétique et de la fréquence allélique. Les puces Illumina au contenu standard ou personnalisé sont conçues pour interroger de 300 000 à 5 millions de locus (SNPs et indels) simultanément en formats de 4, 8 ou 24 échantillons.
Ces puces donnent non seulement des informations sur le génotype du SNP, mais aussi sur le nombre de copie (CNV) pouvant révéler la présence d’anomalies chromosomiques.
Le taux de succès de détection des génotypes est en moyenne égal ou supérieur à 98%.
- Quantification et validation des ADNs
- Hybridation sur puces type Infinium d’Illumina en fonction des projets
- Contrôle de la qualité des données générées
- Fichiers d’intensités brutes (format .idat)
- Rapport final des SNP génotypés par échantillon (format .txt)
- Rapport du projet dans GenomeStudio (format .bsc)
- Sample sheet correspondant à la réparation des échantillons sur les puces (format .csv)
- Fichier de décodage des puces (format .dmap)
- Manifeste de répartition des sondes SNP sur la puce (format .bmp)
Catalogue des puces Illumina : https://emea.illumina.com/products/by-type/microarray-kits.html
Analyse de la méthylation par puces à ADN
La plateforme propose des prestations d’analyse de méthylation basées sur la technologie BeadArray d’Illumina.
Cette analyse a pour but de mesurer après conversion bisulfite, les niveaux de méthylation des sites CpG répartis sur l’ensemble du génome par génotypage quantitative grâce aux puces Illumina Infinium Methylation EPIC (850K). Le nombre d’échantillons analysés en parallèle par cette puce est de 8 échantillons.
Ces puces sont compatibles pour une analyse à partir des ADNs génomiques ou bien des ADNs provenant de blocs de paraffine (FFPE) et nécessite une quantité de 500 ng d’ADN mesurée par dosage fluorimétrique et des échantillons non-amplifiés.
Dans le cas des tissus FFPE, l’étude du méthylome reste un défi. En effet, les ADNs extraits à partir de ces tissus sont souvent dégradés en raison des conditions de fixation et d’inclusion des tissus. Afin de rendre cette source de matériel compatible avec les puces Illumina, une optimisation de protocole est introduite permettant d’améliorer la qualité des ADNs FFPE et par conséquent la reproductibilité de la méthode.
Le taux de succès de détection de CpGs est en moyenne égal ou supérieur à 96 % dans les cas des ADNs génomiques. Il est supérieur 90% dans le cas des ADN extraits à partir de tissus FFPE non tumoraux.
- Quantification et validation des ADNs
- Traitement bisulfite, contrôle des quantités après conversion
- Restauration des ADN dans le cas des tissus FFPE
- Hybridation sur puces Infinium methylation EPIC (850 K) d’Illumina
- Contrôle de la qualité des données générées
- Fichiers d’intensités brutes (format .idat)
- Rapport final des ratios de cytosine méthylées et non méthylées (format .txt)
- Rapport du projet dans GenomeStudio (format .bsc)
- Sample sheet correspondant à la réparation des échantillons sur les puces (format .csv)
- Fichier de décodage des puces (format .dmap)
- Manifeste de répartition des sondes de méthylation sur la puce (format .bmp)
Puce infinium Mehylation EPIC : https://emea.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/infinium-methylation-epic.html
En pratique : n’hésitez pas à nous contacter pour en savoir plus à medecine-p3s@sorbonne-universite.fr ou au 01.40.77.81.32