Les analyses en LC-MS/MS nécessitent au préalable un traitement des échantillons. Les méthodes appliquées sont adaptées selon l’échantillon afin de le rendre compatible avec l’analyse LC-MS/MS et de maximiser le nombre de protéines à identifier.
Méthodes de traitements des échantillons
- Précipitation / concentration des protéines
- Digestion enzymatique (Trypsine et/ou Lysine C)
- Dessalage des peptides par StageTips
- Préfractionnement : lorsque les échantillons sont très complexes, il est préférable d’effectuer une étape de préfractionnement afin d’identifier un plus grand nombre de protéines. Nous réalisons un préfractionnement selon la masse par gel SDS-PAGE. Il est également possible de faire du fractionnement selon la charge ou la polarité.
- Elimination des protéines abondantes : la présence de protéines majoritaires dans un échantillon peut être un handicap pour l’étude et l’identification des protéines moins abondantes. Quand cela est nécessaire, nous utilisons notamment le système ProteoMiner (Bio-Rad) afin de réduire l’abondance des protéines majoritaires
En pratique : n’hésitez pas à nous contacter pour en savoir plus à medecine-p3s@sorbonne-universite.fr ou au 01.40.77.81.32